微灌系统抗堵塞性能差，水中如含有杂质就会堵塞灌水器的出口，甚至堵塞管道系统。而且水中的砂粒还会磨损喷头上的喷嘴。同时如果水源的水质不好就要在系统首部设置过滤设备。即使引用自来水灌溉，也要装过滤设备。对于滴灌还要注意防止化学沉淀与结晶和生物繁殖所造成的堵塞。常用的过滤器主要有沉沙池、离心式泥沙分离器、砂石过滤器、筛网过滤器和泡沫塑料过滤器5种。

1、沉沙池。沉沙池是一个静止水池，它的断画远大于引水渠道的断面，因而水流速度很小，可以使水流中应沉淀的泥沙逐渐沉淀下来。在微灌系统甲，主要用于分离比水重的悬浮物质。可以沉淀大量泥沙。然而藻类的生长和风将杂质吹入池内则可能增加了过滤问题。因此如果可能的话最好加盖，应避免采用开敞式的水面。仅仅用沉淀的方法不可能获得微灌系统所需要的水质，因此经过任何形式的沉沙池处理之后的水流都要再用化学处理以及备种过访器和滤网的组合处理。

2、离心式泥沙分离器。离心式泥沙分离器又称为涡流分离器，是使含沙的水在圆柱形容器内作目周运动（成涡流）产生离心力把水中挟带的比水重的杂质抛向四周，并在重力作用下沿四壁向下沉淀，从底部排出，清水从顶部的中心流出，从而起到分离泥沙的作用。不过一般要与过滤器配合使用，以滤去它未能分离出来的杂质。因此离心式泥沙分离器主要在水源含杂质较多时作为初级过滤器，以减轻次级过滤器的负担，增长冲洗周期。

3、砂石过滤器。砂石过滤器又称为介质过滤器或砂介质过滤器，它是将经过分级的砂石依次分层填装在圆柱形容器内，当水流通过时，水中的杂质就吸附在砂石层内。砂石过滤器主要用于清除很细的砂和有机质，特别有利于清除有机质，因为砂砾表面积大，而且尖角能挂住柔软的藻类，并且可以在收集大量的藻类以后再清除。对于诸如藻和硅藻之类的细长颗粒，多层的砂砾要比单层筛网有效得多。但为了安全起见在砂石过滤器后都再安装一个细筛网式过滤器。

4、筛网过滤器。筛网过滤器是最简单而有效的一种过滤器。孔径大小和单位面积孔眼数目决定了过滤器的工作范围和效率。筛网可以有效地清除非常细的砂和少量藻类，但是没有专门设计的筛网过滤器有可能很快地被藻类堵死。

5、泡沫塑料过滤器。泡沫塑料过滤器是用聚胺脂作为介质，装在金属戴塑料圆筒上。结构形式与砂石过滤器类似，但易于堵塞。所以一般作为末级过滤器，装在干管或支管的前面。